El 25 de enero de 1586, se inauguraba el convento de San Hermenegildo en la calle Alcalá de Madrid.
Situado frente a la conocida Casa de las siete chimeneas, el convento de San Hermenegildo se levantó en 1586 en un antiguo prostíbulo.
El convento pertenecía a los frailes carmelitas descalzos, y el 25 de febrero de dicho año se celebró la primera misa. Rápidamente la orden religiosa adquirió los terrenos colindantes al convento e iniciaron la construcción de una iglesia con la fachada en la calle Alcalá.
Esta iglesia fue inaugurada en diciembre de 1605, y en mayo de 1614, Lope de Vega ofició su primera misa como sacerdote en este templo.
Ya en el siguiente siglo, hacia 1726 se decidió derribar el complejo eclesial para abordar una nueva construcción. Hacia 1733 se iniciaron las obras de una iglesia de estilo barroco. Las labores terminarían en 1748.
Durante el siglo XIX la Guerra de Independencia dañó gravemente el patrimonio artístico del templo. Además, la desamortización de José Napoleón expropió a la orden Carmelita de los terrenos ajardinados del convento y parte de los edificios, convirtiendo esa parte en la plaza del Rey.
En 1842 la Iglesia deja de ser Carmelita y se convierte en la parroquia de San José, regida bajo el clero secular, modificación que se mantiene hasta el día de hoy. En 1873, se alza en el solar del convento que daba a la calle Alcalá, el teatro Moratín, que en 1879 se convirtió en el teatro Apolo hasta 1929.