El político sólo ha respondido a las preguntas de su abogado, Andreu van den Eynde, negando que cometiera cualquier delito por que "votar en un referéndum no es delito". También negó que hubiera violencia en el proceso político independentista, y que él mismo dejaría cualquier proceso que hubiera tenido ese ingrediente en sus métodos.
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La Fiscalía pide 25 años de cárcel para él por un delito de rebelión y será selañado como el máximo mandatario responsable en ausencia de Puigdemont, fugado de la Justicia en Bélgica. Aunque ERC, su partido, le ha tomado como gran líder y mártir, él ha intentado en estos 15 meses en prisión preventiva rebajar la tensión e incluso desligar su situación penal con la aprobación de los Presupuestos, aunque finalmente las cuentas del Estado presentadas por el Gobierno de Pedro Sánchez han quedado tumbadas en el Congreso.
En todo este tiempo, Junqueras ha protagonizado varias entrevistas desde prisión. Su último discurso fue leído durante un mitin de ERC, donde él apareció como holograma ante el público, y en él comentaba que "la represión" contra el independentismo demostraba "la debilidad del Estado" porque "no frenará la libertad" de Cataluña, y recalcó que "cualquier solución" pasa por "el derecho de autodeterminación". En una conferencia escrita por Junqueras y leída en un acto de ERC celebrado en el Sant Jordi Club de Barcelona ante unas 2.500 personas, abogó por seguir "sumando" más apoyos para "construir la mayoría republicana".
Junqueras, en recientes declaraciones al diario francés Le Figaro, afirmó que él se quedó en Cataluña "por responsabilidad". "Sócrates, Séneca y Cicerón tuvieron la oportunidad de huir y no lo hicieron", subrayó. Unas palabras que se interpretaron como un duro rapapolvo a Puigdemont, huido desde la declaración de independencia el 27 de octubre de 2017.