Finalizadas las fiestas de San Antonio, es momento de comentar las obras a las que está siendo sometida la ermita original, la que muestra los frescos de Goya. Quienes hayan acudido a la verbena habrán visto el espectacular andamiaje que cubre totalmente el templo-museo, que permanece cerrado al público. Las obras comenzaron en abril.
El objeto del proyecto es la mejora de la eficiencia energética del conjunto de la envolvente de la ermita (fachadas, cubiertas, ventanas) y de sus instalaciones interiores de climatización e iluminación. Las actuaciones respetarán los elementos de valor patrimonial del inmueble, ajustándose la ejecución de las obras, los materiales y las soluciones constructivas a los valores patrimoniales y a los sistemas constructivos históricos.
Patrimonio Nacional afronta la mejora de la eficiencia energética de la iluminación interior, la climatización y el envolvente. La unión temporal de empresas Ermita de San Antonio de la Florida S.L. con dirección de obra a cargo de la arquitecta Pilar Sánchez Cid, es la encargada materializar el proyecto.
En las cubiertas se rehabilitarán las de las naves laterales, aprovechando las tejas existentes. En la bóvedas y cúpula del templo, que actualmente cuenta con acabados de plomo y zinc, este último no original, se sustituye esta cobertura por planchas de plomo que mantienen el mismo sistema constructivo. A las fachadas se dará una nueva capa de acabado exterior, con retirada del mortero de cemento actual por un mortero de cal que mejora el comportamiento térmico y la transpiración de los muros.

También se sustituirán las carpinterías exteriores de madera y vidrio simple por carpinterías de madera de pino macizo, doble vidrio y cámara de aire, respetando el diseño actual y restaurando las contraventanas interiores existentes.
Con el objetivo de reducir el consumo eléctrico actual y mejorar las condiciones de uso interior, se han proyectado nuevas luminarias LED ajustadas a los requerimientos lumínicos.
El presupuesto se acerca a un millón novecientos mil euros. Está financiado con los fondos Next Generation de la Unión Europea. Si se cumplen los plazos, las obras se prolongarán durante siete meses. El culto se celebra con normalidad en la ermita gemela. Esta se construyó en 1928 para garantizar la conservación de los frescos, convirtiendo la original del siglo XVIII en museo, de libre acceso. Siendo propiedad de Patrimonio Nacional, el Ayuntamiento de Madrid es el que gestiona los accesos y visitas al museo.
Hace solamente veinte años que terminó la última de las tres campañas de restauración, que se habían iniciado en 1987. Entonces se rehabilitó completamente el edificio y se consolidaron los frescos que Goya pintó a final del siglo XVIII. Volvió entonces el esplendor de las pinturas, cuyos detalles pueden admirarse con un ingenioso juego de espejos colocados sobre el pavimento. Esta capilla figura también como panteón de Francisco de Goya, al trasladarse aquí sus restos el año 1919.
Si los plazos indicados de esta rehabilitación se cumplen, la reapertura a los visitantes se producirá casi al final de este año 2025.