El 60 por ciento de los ingresos anuales del Prado corresponden a su propia financiación, porcentaje que se ha duplicado en apenas cinco años. Esta cifra se ha ido incrementando año a año desde que comenzara la crisis y las aportaciones públicas se vieran reducidas paulatinamente. Así, mientras en 2007 mediante la autofinanciación (venta de entradas, principalmente) se obtuvieron 15.064.000 euros, en 2012 fueron 24.186.000 euros. En contrapartida, la aportación del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte ha pasado de los 28.388.000 a los 15.905.000 euros, lo que supone un descenso del 44 por ciento, según datos facilitados por la pinacoteca.
El presupuesto total del museo fue de 44,7 millones de euros en 2012, 14,5 de los cuáles procedieron de las tasas y precios públicos (por primera vez en la historia se superaron los tres millones de visitantes), 17,3 millones de transferencias corrientes, 2,8 de ingresos patrimoniales, 4,9 de transferencias del capital y 5,2 millones a los activos financieros.
El resultado del ejercicio dejó un saldo negativo de algo más de 1.096.438 euros, pero hay que tener en cuenta de más de medio millón de incrementos patrimoniales están pendientes de imputación a resultados. Además, el patrimonio neto ha crecido algo más de 24.000 euros. Por otro lado, las deudas a corto plazo se rebajaron casi medio millón de euros.
El año pasado se superaron los tres millones de visitantes por primera vez en toda su historia, subida que puede estar relacionada con la apertura del museo también los lunes.