Durante los trabajos de construcción, realizados entre 2005 y 2007, se halló al excavar el segundo sótano de la infraestructura un importante yacimiento paleontológico y varios conjuntos de estructuras arqueológicas. Los más de 3.000 restos encontrados datan del Aragoniense medio. Es decir, tienen una antigüedad de entre 14,1 y 15,6 millones de año.

Entonces, la región era un espacio similar a la sabana africana, con un clima cálido y seco. Por ella abundaban 'Hispanotherium matritenses', rinocerontes de  patas largas y sin cuernos; tortugas gigantes, mastodontes, jabalíes, ciervos almizcleros y otros rumiantes. También se han hallado restos de carnívoros como el 'Magerictis imperialensis' (un familiar lejano del panda rojo), las nutrias, las comadrejas o los tejones. Por último, se han hallado microvertebrados como lagomorfos, glíridos y hámsters.

Cráneos fósiles
Los viajeros podrán observar en el intercambiador un pequeño espacio expositivo con pequeños ejemplos de vida faunística y florística del Mioceno Medio. Unas vitrinas muestran también réplicas de cráneos fósiles. La parte más importante de este tesoro arqueológico se ha cedido al Museo de Ciencias Naturales.

Aparte de los hallazgos prehumanos, en las obras se localizaron estructuras arqueológicas pertenecientes a las cimentaciones del Asilo de las Lavanderas (o Casa del Príncipe) y de las sucesivas fuentes monumentales que se instalaron en este espacio desde el siglo XVII, entre las que destacó la de los Mascarones, creada dentro de las remodelaciones impulsadas por Felipe II y proyectadas por Juan Gómez de Mora. Esta era de planta circular de 16 metros de diámetro.