El Gobierno regional tiene previsto invertir 4,3 millones de euros en la construcción del nuevo colegio cuya entrada en funcionamiento está prevista para el curso 2008-2009.
El nuevo centro, ubicado en el número 10 de la calle Almonacid, sustituirá al colegio actualmente existente. Durante su construcción, los cerca de 400 alumnos del centro permanecerán el próximo curso en las actuales instalaciones. Una vez concluidas las obras, los niños pasarán al nuevo centro y en la parcela que quedará libre se construirá el gimnasio y dos pistas polideportivas.

El nuevo edificio, con una superficie de 3.838 metros cuadrados, albergará en la planta baja las nueve aulas destinadas a Educación Infantil, los once aseos, la biblioteca, la sala de profesores, los despachos administrativos, el  comedor y la cocina. En la primera planta se ubicarán nueve aulas de Educación Primaria, dos de ellas destinadas a grupos pequeños, tres aseos y una sala de usos múltiples. La planta segunda dispondrá de otras nueve aulas para Primaria, tres aseos y el aula de informática. El centro contará con todas las medidas necesarias de protección contra incendios y de eliminación de barreras arquitectónicas para facilitar el acceso a las personas con discapacidad.

La construcción del nuevo colegio Fray Junípero Serra responde a la creciente demanda de plazas de Infantil y Primaria en el distrito de Puente de Vallecas, así como a las dificultades que existían para acometer las necesarias obras de ampliación del centro.