Según el Ministerio de Fomento, el área destinada al estacionamiento de autobuses tiene una superficie de más de 2.700 metros cuadrados. Está ubicada junto al edificio de acceso a Atocha-Cercanías y tiene siete dársenas para las líneas con cabecera o paso por la estación. Asimismo, el espacio del aparcamiento P1, que se sitúa frente al acceso a la Puerta de Atocha, ha sido redistribuido para aumentar el número de plazas, 172 en el caso de automóviles (cuatro de ellas para minusválidos) y 145 para bicicletas y motocicletas.

En lo que se refiere a los taxis, se ha previsto aumentar a cuatro los carriles destinados al uso de este transporte en el acceso a la nueva terminal de llegadas de alta velocidad, que se está construyendo en la actualidad. También se ha renovado el mobiliario urbano de la zona de las dársenas de autobuses con el fin de facilitar el tránsito de los usuarios, se han pavimentado las aceras y asfaltado y pintado las calzadas.

La nueva distribución del intercambiador de Atocha se enmarca en la primera fase de la obras de ampliación del Adif para la puesta en marcha de las nuevas líneas de alta velocidad, que contará con cuatro nuevas vías cuando finalicen las obras.