Los centros hospitalarios de media y larga estancia son imprescindibles para la asistencia de pacientes crónicos, en rehabilitación traumatológica y/o neurológica, paliativos y otros procesos que requieren ingreso hospitalario durante un periodo prolongado, que puede durar varios meses. La Consejería de Sanidad aprobó en noviembre de 2013 la orden de adscripción de competencias, funciones y servicios del Hospital Carlos III a la gerencia del Hospital Universitario La Paz para su configuración como hospital de media y larga estancia.
La integración se está realizando paulatinamente: La Paz ha asumido ya la actividad de servicios centrales como el Laboratorio de Urgencias y Microbiología, de Pediatría y las cuatro camas de UCI. También se ha iniciado el proceso de integración de la actividad de enfermedades infecciosas, con el traslado a La Paz de la mitad de la actividad. En el área de consultas externas, las relativas a Alergología, Endocrinología, Cardiología, Neumología y Reumatología se han integrado en La Paz y sus centros de especialidades. En el Carlos III permanecen la Unidad de Enfermedades Tropicales y el Servicio de Cirugía General, que ahora incluye actividad quirúrgica de otras especialidades como la cirugía oftalmológica, que empezará en las próximas semanas.
También se encuentran en proceso de integración las dos unidades de ELA en el Carlos III, potenciándose esta área al incluir otras patologías neuromusculares similares que pueden beneficiarse de esta estructura asistencial.