El Defensor del Pueblo pedía las conclusiones de la investigación que estaba llevando a cabo la Dirección General de Aviación Civil, así como si existía la intención de arbitrar "alguna medida similar" a la adoptada para el problema suscitado en el aeropuerto de Barcelona-El Prat. También pedían tener conocimiento de las reclamaciones presentadas por los pasajeros disconformes con Air Madrid.
Ya en diciembre, el Defensor del Pueblo amplió la investigación y solicitó a Fomento los criterios necesarios para conceder a una aerolínea el certificado de operador aéreo, así como la renovación del mismo. Además, solicitaron los actos de inspección a los que había sido sometida en materia de seguridad.
El día de suspender actividades, el 15 de diciembre, el Defensor del Pueblo recibió "en los días siguientes, numerosas quejas" por parte de algunos pasajeros afectados por esta medida, a los que informaron de sus derechos conforme a la normativa vigente.Aguado testificará ante el Juzgado de Instrucción número 3 de la Audiencia Nacional dentro de las diligencias previas que se siguen contra el presidente de Air Madrid, José Luis Carrillo, y otros cuatro altos cargos de la aerolínea imputados por un presunto delito de estafa por continuar vendiendo billetes después de haber tomado la decisión y antes de anunciar la suspensión de actividades de la compañía.
La citación judicial se hizo pública el 3 de abril después de que el pasado mes de diciembre el juez de la Audiencia Nacional Juan del Olmo dictase un auto en el que se declaraba competente para investigar la denuncia presentada el día 18 de ese mes por la Organización de Consumidores y Usuarios (OCU) contra Air Madrid por los delitos de estafa y fraude a los consumidores. La Asociación General de Consumidores (Asgeco) también denunció a Air Madrid por estafa y está personada en la causa como acusación particular.
Hasta el momento han declarado como imputados el presidente de la compañía, José Luis Carrillo, el adjunto a la presidencia, Julio Miguel Martínez, la directora del departamento de Ventas, Silvia Avelar Bravo, el director del departamento de gestión, Juan Barjau Romero. En calidad de testigos declararon el director general de Aviación Civil, Manuel Bautista, y el instructor del expediente abierto por la Dirección General de Aviación Civil contra Air Madrid, Javier Asenjo.