Una primera fase de restauración, desarrollada entre los años 2001 y 2004, supuso la recuperación de la fábrica exterior de ladrillo, además de los elementos pétreos, es decir, la portada y el zócalo del perímetro. También entonces se restauraron la cubierta del cuerpo posterior y las carpinterías exteriores y de las rejas, estableciéndose un sistema de protección de las vidrieras.
Posteriormente, desde 2005 hasta este año, se acometió la restauración del interior de la iglesia, que culminó la rehabilitación integral del edificio y se enmarcó el convenio de colaboración suscrito entre la Consejería de Cultura y Deportes y la Provincia Eclesiástica de Madrid.
Concretamente, la última intervención consistió en el levantamiento de los solados existentes y su sustitución por otros de piedra caliza, lo que eliminó el solado de mármol del presbiterio y permitió recuperar el pavimento original. Además, se ejecutaron reformas en la sacristía y en la capilla bajo la torre.Una de las actuaciones más importantes fue la referida a la recuperación espacial de la capilla bautismal, donde se eliminaron los climatizadores y la chimenea del sistema de calefacción, además de la tabiquería de la planta superior, y se instaló un nuevo sistema de calefacción.