A las dos de la tarde la sublevación del pueblo de Madrid ha quedado pulverizada. Se ha iniciado entonces un proceso de represión que tiene visos de que se mantendrá en las próximas semanas. En primer lugar, Murat ja exigido a los ministros españoles de la Guerra y de Hacienda que la Junta Suprema lleve la tranquilidad al pueblo y en consecuencia se ha publicado un bando pidiendo a los madrileños que no insulten a los franceses ni les ataquen. Asimismo se ha prohibido la entrada en la Villa de cuadrillas salvo a trajineros, arrieros y conductores de víveres, siempre que dejen sus armas a los guardias en las entradas.
Horas después la Junta ha publicado, por orden de Murat, otro bando en el que se han prohibido los corrillos y se ordena sean recogidas todas las armas blancas y de fuego, levantando acta de aquellos que estén exentos de tal prohibición.A pesar de que se han cumplido tales disposiciones, Murat, que según uno de sus ayudantes, "está muy enfadado" ha ordenado se coloquen cañones en las esquinas de las principales calles; se cree una comisión militar para juzgar a los sediciosos.
Asegura Murat que no quiere mezclar los buenos españoles con los sublevados, que han llegado hasta el asesinato, por los que les califica de "miserables que no desean más que el crimen y el pillaje". A pesar de esa distinción. el cuñado de Napoleón proclama: "Pero la sangre francesa ha sido derramada y clama por la venganza". Por ello ha decidido que todos los detenidos con armas en los alborotos sean arcabuceados y todo lugar donde haya sido asesinado un francés sea incendiado. Otra medida es considerar junta sediciosa a toda reunión formada por ocho o más personas.
La solución que propone para controlar a la población es sencilla e injusta: se responsabilizará a los amos de sus criados; a los jefes de talleres y obradores de sus oficiales; a los padres de sus hijos, y a los priores y abades de los religiosos de sus conventos. También se amenaza con la muerte a quienes vendan, redacten o distribuyan libelos impresos o manuscritos. De momento, la postura de fuerza de Murat ha conseguido que los Francisco de Paula y el infante Antonio Pascual salieran para Francia.
En aplicación de esta orden, todos aquellos madrileños que han sido detenidos han sido llevados a los cuarteles del Conde Duque, Santa Bárbara, Retiro y San Gil y a los conventos de San Felipe el Real y a la Casa de Correos. No todos han llegado. Diecinueve personas, detenidas en los enfrentamientos de Sol, que aguardaban en San Felipe el Real han sido llevadas al atrio del Buen Suceso y fusiladas. Sólo uno se ha salvado, aunque herido. Madridiario ha podido confirmar que se trata de Cosme Martínez del Corral, impresos y administrador del almacén de papel del duque del Infantado en Pastrana.
Poco después se producían nuevos fusilamientos en el paseo del Prado, y en la Casa de Campo así como en las puertas de Segovia y santa Bárbara. Horas más tarde, hacia las cuatro de la mañana del día 3, se han producido más fusilamientos, esta vez en la posesión real de La Florida que se extiende en torno a la colina de la que había sido propiedad del principe Pío de Saboya. La finca, convertida en enclave militar, ha sido el escenario del fusilamiento de 44 detenidos, de los que tan sólo Juan Suárez se ha salvado gracias a que se ha tirado durante el trayecto por una colina.
Según ha podido saber este periódico, Murat ha ordenado que no sean retirados los cadáveres para que sirvan de ejemplo. Sin embargo los muertos en el paseo del Prado, a pesar de la orden, han sido llevados a enterrar al Hospital General de Atocha. Otro cuerpos deberán esperar hasta el día 7 -los que están tirados en las calles- e incluso hasta el día 12 -los fusilados en La Florida- en un acto que los madrileños han considerado inhumano.
También ha sido muy denostada la orden por la que algunas casas han sido incendiadas y hasta voladas por haber sido utilizadas por sus moradores para atacar a los franceses. Los registros y destrucciones durarán cuatro días. En total, y a pesar de las distintas fuentes consultadas, contradictorias unas con otras, Madridiario puede establecer en 409 españoles muertos -de ellos 60 mujeres y 13 niños- y 171 heridos. Por el bando francés, se calcula en unos 500 muertos, si bien el ejército francés, a pesar de reconcoer que había sufrido numerosas bajas, jamás las cuantificó.