La compañía FCC ya ejecutó también las otras dos fases del proyecto, un edificio de 46.000 metros cuadrados de superficie diseñado por los arquitectos Emilio Tuñón y Luis Moreno Mansilla. Fuentes de la compañía indicaron a Madridiario que, si todo continúa según lo previsto, las obras se iniciarán en 15 días y concluirán en octubre de 2013, aproximadamente, ya que está previsto que los trabajos duren 20 meses. El contrato de esta tercera fase abarca la construcción de la envolvente arquitectónica del museo, esto es, las cubiertas y fachadas, las obras de carpintería y cerrajería, y la urbanización del entorno.

El centro albergará y exhibirá 155.000 piezas de "gran valor artístico e histórico" de Patrimonio Nacional, organismo promotor del proyecto, vinculadas a la Corona del Reino de España; más de la mitad de ellas, nunca antes expuestas. La colección estará integrada por una importante colección de tapices, pinturas, objetos suntuarios, carruajes y enseres. Según la compañía, solo la colección de pintura está considerada como la segunda de España, después del Museo del Prado.

La exsubsecretaria del Ministerio de Presidencia, Soledad López, explicó en una intervención en la comisión constitucional del Congreso de los Diputados que el museo estaría en marcha a finales de 2015 o principios de 2016. Este período entre la conclusión de las obras y la apertura podría deberse a los trabajos de musealización de tan ingente colección.